签订的劳动合同与公司后来制定的规章制度冲突应该怎么处罚？

《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》第十六条规定：“用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。”也就是说，当劳动合同与规章制度发生冲突时，法律赋予了劳动者优先选择的权利。如果劳动者选择适用对其更为有利的劳动合同，则按照《司法解释二》的规定应优先适用劳动合同，反之亦然。

这主要是用人单位内部规章制度是用人单位利用其用工管理权所制定的单方规定，而集体合同、劳动合同则是用人单位与劳动者共同达成的合意，为了防止用人单位借其强势地位侵害劳动者合法权益，尊重用人单位与劳动者之间的真实意思，应当优先适用双方之间的合同约定。

法律依据：

《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》 第十六条 用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。